По какой ставке уплачивать транспортный налог при сдаче декларации по месту нахождения теплохода, а не по месту регистрации организации?

Коллеги, добрый день!
В организации, находящейся в г .Москве, на балансе числился теплоход, который был поставлен на учет в г.Нижний Новгород. Авансовые платежи уплачивались в ИФНС по г. Нижний Новгород. В ноябре 2016 года теплоход был продан и снят с учета. Декларацию годовую сдать не успели в ИФНС по г. Нижний Новгород, т.к. организацию сразу сняли с учета. Соответственно, декларацию сдали по месту регистрации. Ставку налога указали согласно Закону Нижегородской области. Сейчас ИФНС по г. Москве требует доплаты налога, исходя из ставки г. Москвы. Я, к сожалению, не смогла найти никакой нормативной базы по данному вопросу. В ответ на требование сослалась на то, что теплоход не стоял на учете в г. Москве. Но этого оказалось недостаточно - настаивают на пересчете налога за весь 2016 год и доплате, исходя из ставки, утвержденной в г. Москве.
Помогите, пожалуйста, разобраться насколько правомерно требование ИФНС по  г. Москве?